Em 1994 a EBM sofre uma mudança de Direção e adquire instalações próprias.

Neste mesmo ano houve uma grande reestruturação alterando o Curriculum do curso tanto na área Espiritual como na introdução da parte Administrativa, e a partir de então, o curso passou a ter a duração de três anos letivos que se manteve até 1996.
Em 1997 graças aos computadores, a EBM e EMM consegue chegar até, África, Brasil e Europa.

Devido ao crescimento da Escola e ao aumento de alunos em 1997 a Escola teve a necessidade de se expandir criando as Escolas por extensão ministrada por computador passando assim a ter uma nova estratégia ficando o curso dividido em duas partes:
1ª Parte – Um ano letivo para a EBM, sendo aberto a todos os irmãos e Denominações.
2ª Parte – Dois anos letivos, apenas para os membros do Ministério Maná nascendo assim a nova Escola Ministerial Maná (EMM).

Em 2000, continuamos com o mesmo método de trabalho. Conseguindo implementar 100 Escolas a nível Nacional, 20 a nível internacional, conseguindo atingir um total de 1.500 alunos.
Em 2001 e 2002 continuamos com o mesmo método, 1 ano para a Escola Bíblica e os 2 anos seguintes correspondentes à Escola Ministerial, sendo ao vivo na Sede em Lisboa e por Extensão passou a ser por Cds (Portugal, Europa, África e Brasil) .

Em 2003 e 2004, a EBM passa por uma grande transformação com o aparecimento do Canal de Satélite ManáSat, passando o curso da EBM a estar integrado na
Programação do canal ManáSat2, transmitindo em direto para todo Portugal, Europa e África. Com esta grande revolução tivemos 2500 alunos.

Acompanhando o desenvolvimento e expansão do “Mundo Informático”, a EBM cria o seu site de Internet, afim de expandir a sua área de abrangência e possibilitar a todos os interessados a maior facilidade em obtenção de informação.
Foi ainda no ano de 2003 que a Escola Bíblica Maná e a Universidade Lusófona, assinam um protocolo que permite a todos os alunos que tenham a Escola Bíblica e o
12° ano de escolaridade, entrarem para o 3° ano do Curso das Ciências das Religiões, da Universidade Lusófona.

O ano de 2005 poder-se-á traduzir como o “Ano da Mudança”.
É a partir deste ano que a Escola Bíblica aumenta o seu curriculum de matérias, obrigando ao aumento do ano lectivo de 11 meses para 12 meses.

A Escola Bíblica Maná muda de instalações, ficando agora situada no mesmo edifício que a Administração Internacional, com esta mudança as infraestruturas da Escola tomam dimensões muito maiores do que as anteriormente existentes, ficando a contar uma logística e condições muito melhores.
Os anos de 2006 e 2007 anos foram de afirmação global.
Durante o ano de 2006 ficou completo o processo de implementação da EBM Via OnLine com o total do currículo disponibilizado para todos os que desejem completar os seus estudos via Internet. Assim sendo a EBM entra a todo o vapor na era da globalização fazendo chegar o ensino da Palavra de Deus a todos os lugares do mundo.
Em 2007 no intuito de chegar mais longe e indo ao encontro das necessidades da Igreja as aulas passam todas a ser traduzidas para espanhol devido á grande incrementação do ministério em Espanha e na América Latina.
Começam a ser estruturadas as traduções para inglês, francês e russo.
Neste contexto é de salientar igualmente a inauguração das instalações da EBM em Luanda-Angola que trouxe aos alunos dessa nação um verdadeiro fervor para exaltar a Jesus pela qualidade do projecto alcançado.
Passou a existir também uma nova dinâmica quanto ás aulas da EBM sendo que algumas das lições serão dadas pelos pastores nas próprias Igrejas locais.
Em 2008 continuamos com a dinâmica de Internet, e na sede com professores ao vivo. Continuamos a implementar e dinamizar a escola com novas matérias e professores. Houve também uma reestruturação nos manuais da
Escola visto ás matérias terem sido actualizadas e revistas.
Em 2009 foi ano de muitas mudanças a nível de estrutura de aulas, visto que passamos a dar na sede aulas através de discos multimédia e com professores ao vivo. Nas igrejas locais para maior motivação foram dadas através do manásat e com a “Nova Dinâmica” aulas ao vivo.
No final do ano 2009 (Outubro), foi implementado nas igrejas locais o processo que já vinha da sede, aulas transmitidas através de discos multimédia e com professores ao vivo,“Nova Dinâmica”.
Em 2010 com a nova estrutura anulou-se as aulas da sede ficando só a ser transmitidas nas igrejas locais.
A grande novidade de 2010 foi ter a Escola Ministerial em disco multimédia mais os professores ao vivo (Nova Dinâmica) em todas as igrejas locais.
Atualmente a escola bíblica Maná tem alunos espalhados por todo o mundo a escola bíblica tem crescido de ano para ano sempre ensinando a v